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在采样小屋标准配备上，要求小屋外应设置等候区、登记采样区、清洁物品区、临时隔离区、医疗废物集中存放区和防护用品脱卸区等功能分区，并根据气候条件配备遮阳、遮雨等设施，以及小屋内置固定的紫外线灯、冷热空调，按需配备冷藏设施，配备视频装置。
采样小屋采用有空气过滤系统的正压小屋，需每周监测并记录正压运作情况；采用非正压设计的小屋，应通风良好，必要时采取机械通风，或配备人机共存型循环风空气消毒机进行不间断空气消毒。
每间小屋配有身份证和（或）二维码读卡器、根据工作需要配备工作手机或电脑。小屋还应设置标本临时存放处，医疗废物垃圾存放处。防护用品使用4小时应换，出现破损或明显污染物时立即换。
核酸采样小屋由设置单位管理专员，负责统筹人员、设备、物资、流程、监督等日常管理工作，并配备 1—2名采样人员和 1 名信息登记人员，一定数量的其他工作人员如安保人员或志愿者等，负责测温核码、一米线管理、提醒引导分流受检人群等工作。
标准中还规定，小屋标本采集后放入带有生物安全警示标识的标本自封袋中包装，对自封袋外表面用1000 mg/L 含氯消毒剂或75%酒精喷洒消毒，然后置于密闭箱，对箱外表面再次消毒。标本采集后冷藏保存，并在2—4小时内由经过生物安全培训的专人运送至实验室。
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